曹操责备他们，接着为他们谋划说：“诸位请听我的计策，让渤海太守袁绍率领河内的军队逼近孟津，酸枣的各位将领防守成皋，占据敖仓，封锁轘辕、太谷，完全控制这些险要之地；让袁术将军率领南阳的军队进驻丹水、析县，攻入武关，以震慑三辅地区：各路军队都高筑营垒、深挖壕沟，不与敌人交战，多布置疑兵，显示出天下的形势，以正义之师讨伐叛逆之贼，就可以很快平定局势。如今军队以正义之名起兵，却迟疑不进，让天下人失望，我私下里为诸位感到羞耻!”张邈等人没有采纳他的建议。曹操兵力单薄，于是和夏侯惇等人到扬州去招募士兵。扬州刺史陈温、丹杨太守周昕给了他四千多名士兵。返回龙亢时，很多士兵叛逃了。到了铚县、建平，又招募到一千多名士兵，进驻河内郡。
刘岱和桥瑁相互仇视，刘岱杀了桥瑁，让王肱兼任东郡太守。袁绍和韩馥谋划拥立幽州牧刘虞为皇帝，曹操拒绝了他们的提议。袁绍还曾在和曹操同坐时，拿出一枚玉印，举向自己的手肘（向曹操展示），曹操因此发笑并且厌恶他。初平二年（公元191年）春季，袁绍、韩馥终究还是要立刘虞为帝，刘虞始终不敢接受。夏季四月，董卓回到长安。秋季七月，袁绍胁迫韩馥，夺取了冀州。黑山贼寇于毒、白绕、眭固等人，率领十多万部众反叛，劫掠魏郡、东郡，王肱无力抵御。曹操领兵进入东郡。曹操在濮阳攻打白绕，击败了他。袁绍因此上表朝廷举荐曹操担任东郡太守，郡治设在东武阳。初平三年（公元192年）春天，曹操驻军顿丘。于毒等人攻打东武阳，曹操于是率领军队向西进入山区，攻打于毒等人的大本营。于毒听说后，放弃东武阳返回。曹操中途截击眭固，又在内黄攻打匈奴于夫罗，把他们都打得大败。夏季四月，司徒王允和吕布一起杀掉了董卓。董卓的部将李傕、郭汜等人杀了王允，进攻吕布，吕布战败，向东逃出武关。李傕等人专擅朝政。青州黄巾军有上百万人进入兖州，杀死了任城国相郑遂，又转移到东平国。兖州刺史刘岱打算进攻他们，鲍信劝谏说：“如今贼军有上百万人，百姓都震惊恐惧，士兵也没有斗志。我们实在无法与他们抗衡。我观察到这些贼军都是成群结队地行动，军队没有后勤辎重，只靠抢劫掠夺来获取物资。现在我们不如积蓄军队的力量，先坚守城池。这样一来，他们想交战却无法实现，想攻城又攻不下来，时间一长，他们的队伍必然会人心离散。之后我们挑选精锐部队，占据要害之地，出击就可以打败他们。”刘岱没有听从鲍信的建议，于是与黄巾军交战，结果果然被黄巾军所杀。鲍信便和州吏万潜等人到东郡去迎接曹操，请他兼任兖州牧。曹操于是进军，在寿张县东攻打黄巾军。鲍信奋战而死，曹操军队这才勉强击败黄巾军。曹操悬赏寻找鲍信的尸体，但没能找到，大家就用木头刻出鲍信的模样，哭着祭奠他。曹操追击黄巾军到济北，黄巾军请求投降。这年冬天，曹操接受了三十多万投降的士兵，还有男女百姓一百多万人。曹操挑选其中的精锐士兵，组成了一支军队，号称“青州兵”。袁术和袁绍有矛盾，袁术向公孙瓒求救，公孙瓒派刘备驻扎在高唐，单经驻扎在平原，陶谦驻扎在发干，以此来进逼袁绍。曹操和袁绍会合后一同出击，把他们都打败了。初平四年（公元193年）春天，曹操是的军队驻扎在鄄城。荆州牧刘表切断了袁术的运粮通道，袁术率领军队进入陈留郡，驻扎在封丘，黑山军的残余势力以及于夫罗等都来协助他。袁术派部将刘详驻扎在匡亭。曹操攻打刘详，袁术前来救援刘详，双方交战，曹操把袁术打得大败。袁术撤退到封丘进行防守，曹操于是包围了封丘。还没等包围圈完全形成，袁术就逃到了襄邑，曹操追击到太寿，掘开河渠引水灌城。袁术又逃到宁陵，曹操继续追击，袁术只好逃到九江。夏天，曹操率军回到定陶。下邳人阙宣聚集了数千人，自称天子；徐州牧陶谦与他一同起兵，攻占了泰山郡的华县、费县，劫掠了任城。秋天，