司马昱势力和声望高于晋废帝，桓温和晋废帝支持的庾氏敌对，借拥立司马昱名义废帝打击庾氏。

司马曜是感情专一，他和皇后王法慧夫妻六年，在太元五年皇后去世后就没再立后，和陈淑媛又生活近十年，期间生育二子，直到太元十五年陈淑媛去世，陈归女后来被追封太后。司马曜在陈淑媛去世后和张贵人又生活六年直到去世，他的宫廷生活没有众多后妃同时更换，往往仅一个女子，他是坚决反对皇后酗酒，所以是不会酗酒喝醉妄言被害，更有可能是劳累和郁闷迷信导致生理心理疾病，而年仅三十五岁就去世，司马曜不像父亲有很多女人，不是争风吃醋沉迷女色的昏君。司马曜领导晋朝第二次复兴，虽然没恢复旧疆重新统一，但是仍控制全国七成领土，在古代算是有作为的君主。

司马曜领导复兴华夏，完成第二次复兴，任用谢安和王彪之、王坦之等众多贤臣，任命谢玄组建北府军，重用毛穆之父子，信任桓冲，团结各民族进步力量，是有作为的贤君。

司马昱升迁没有降职的迹象，桓温的官职记录从征西大将军直接升大司马，有可能期间太尉的职务被免除，桓温在北伐中不向北而违诏向东到安陆，又南下武昌，可能被免除太尉，调桓温到扬州让忠晋的桓冲、桓豁接替他守上游，有明升暗降的内涵。

司马昱的抚军司马是王坦之，是司马昱派到桓温幕府当长史，长史和司马是朝廷皇帝和执政司马昱任命，主簿参军是桓温自选，谢安也是司马昱派到桓温那任职和王坦之监控桓温部，桓温最依靠的幕僚是参军郗超，桓温的机密只和郗超谋划。

司马昱废妻时仅有比他职务高的司徒蔡谟、开府褚裒、桓温三人有力量能逼司马昱废妻和世子，我原本怀疑蔡谟，后来看蔡谟儿子蔡系是司马昱长史而排除；褚裒肯定不是，他积极响应司马昱北伐号召，最早出兵攻打羯族，而且和蔡谟都是杰出名士，不会干阴谋，桓温嫉妒心強，后来看太原王氏的王述、王坦之等和桓温的关系矛盾最深，才认为是桓温离间司马昱和太原王氏，甚至不排除桓温要把桓氏女安排去当司马昱王妃，所以司马昱长期不能立妃和世子，甚至立氐女李陵蓉也没娶桓氏。司马昱后来称帝也是被桓温阴谋逼迫，桓温是联合褚太后集团等，拥立司马昱取代废帝，打击废帝派系的庾氏。司马昱派系虽然最大，但内部也有很多拥护他称帝，附和桓温的拥立，若司马昱和褚太后、帝党联合，桓温阴谋废帝是不可能实现，司马昱废妻后没立桓氏，联姻李氏也是抵消桓温联姻李势，争取氐族拥护。

司马睿是中兴君主，领导晋朝把反分裂战争转入有利态势，逐步收复失地，恢复晋朝中央对全国九成领土的统治，限制分裂发展恶化，统治期间迫使氐族和羯族承认晋朝中央正朔，灭亡匈奴割据，限制匈奴残部扩展，尤其是加强与东北和草原的晋藩团结，受到各民族各方镇的拥护。

司马昱是忠诚宽厚的君主，没有篡权夺位的帝王志，只有平乱世的理想，所以受到朝野尊敬，被评价是复兴晋祚的英雄，是习凿齿评价的生平未见的英雄。

司马昱是抚军将军，也负责招抚劝降，这是现代军政委、政治部主任的职责，他的军事才能不低，在晋朝复兴重新统一时，招抚苻洪、姚弋仲等，是杰出政治统帅。