卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。①
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其余封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。②表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。③九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降为中军将军，开府如故。

①《晋书》曰：元兴二年正月，寇东阳，八月，攻永嘉。刘裕讨循至晋安，循窘急，泛海到番禺，寇广州，逐刺史吴隐之，自摄州事，号平南将军，遣使献贡。时朝廷新诛桓氏，中外多虞，乃权假循征虏将军、广州刺史、平越中郎将。
②《宋书》曰：义熙三年，扬州刺史王谧薨。高祖次应入辅，刘毅等不欲高祖入，议以中领军谢混为扬州。或欲令高祖于丹徒领州，以内事付尚书仆射孟昶。遣尚书右丞皮沈以二议咨高祖。沈先见穆之，具说朝议。穆之伪起如厕，即密疏白高祖曰：“皮沈始至，其言不可从。”高祖既见沈，且令出外，呼穆之问曰：“卿云沈言不可从，其意何也？”穆之曰：“昔晋朝失政，非复一日，加以桓玄篡夺，天命已移。公兴复皇祚，勋高万古。既有大功，便有大位。位大勋高，非可持久。公今日形势，岂得居谦自弱，遂为守藩之将邪？刘、孟诸公，与公俱起布衣，共立大义，本欲匡主成勋，以取富贵耳。事有前后，故一时推功，非为委体心服，宿定臣主之分也。力敌势均，终相吞咀。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出权道，岂是始终大计必宜若此而已哉！今若复以他授，便应受制于人。一失权柄，无由可得。而公功高勋重，不可直置，疑畏交加，异端互起，将来之危难，可不熟念。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，厝辞又难。唯应云‘神州治本，宰辅崇要，兴丧所阶，宜加详择。此事既大，非可悬论，便暂入朝，共尽同异。’公至京，彼必不敢越公更授余人，明矣！”高祖从其言，由是入辅。
③《建康实录》曰：八月，遣冠军将军刘敬宣、毛循之率众五千伐蜀。国子博士周祗上书谏于帝曰：“自义旗之建，所征必克，可谓天人交助，和顺之征也。今大难既夷，君臣俱泰，此诚渐无事。宜大宁治民。然蜀贼宜平，六合宜一，非不然也。古人有言：“天时不如地利，地利不如人和。”今往伐蜀，万有余里，泝流天险，动经时岁，来往艰阻，雨雪连降，驱三州三吴之人，而投三巴三蜀之土，其中疾病死亡，岂可称计？且泝万里，所在无储，若连兵不解，运漕不继，虽韩白之将，何以成功？今言可征者，皆云彼亲离众叛，愚谓不然：以一介之匹夫，而能致今日之事，若衆力离散，亦何以至此？官所遣兵，皆乌合应募之人，必无千人一心，有前无退者矣。夫言治国先理其内而治其外，先安其近而怀其远，顷狂狡不息，诛戮相继，未可谓人和也。天险如彼，未可谓地利也。”帝不从，明年敬宣至黄武，果无功而还，中流接得毛璩丧及其家口归之。

五年二月，伪燕主慕容超大掠淮北。①三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳。留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。②初，谋是役，议者以为贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：“不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉？”及入岘，帝举手指天曰：“吾事济矣”。众问其故，帝曰：“师既过险，士有必死之志，余粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。”六月，超留羸老守广固，使其广甯王贺剌卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，为龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。③

①《晋书》曰：超正旦朝群臣于东阳殿，闻乐作，叹音佾不备，悔送伎于姚兴，遂议入寇。其领军韩讠卓谏曰：“先帝以旧京倾没，辑翼三齐，苟时运未可，上智辍谋。今陛下嗣守成规，宜闭关养士，以待赋衅，不可结怨南邻，广树仇隙。”超曰：“我计已定，不与卿言。”于是遣其将斛谷提、公孙归等率骑寇宿豫，陷之，执阳平太守刘千载、济阴太守徐阮，大掠而去。简男女二千五百，付太乐教之。
②《晋书》曰：刘裕率师将讨之，超引见群臣于东阳殿，议距王师。公孙五楼曰：“吴兵轻果，所利在战，初锋勇锐，不可争也。宜据大岘，使不得入，旷日延时，沮其锐气。可徐简精骑二千，循海而南。绝其粮运，别敕段晖率兖州之军，缘山东下。腹背击之，上策也。各命守宰，依险自固，校其资储之外，余悉焚荡，芟除粟苗，使敌无所资。坚壁清野，以待其衅，中策也。纵贼入岘，出城逆战，下策也。”超曰：“京都殷盛，户口众多，非可一时入守。青苗布野，非可卒芟。设使芟苗城守，以全性命，朕所不能。今据五州之强，带山河之固，战车万乘，铁马万群，纵令过岘，至于平地，徐以精骑践之，此成擒也。”贺赖卢苦谏，不从，退谓五楼曰：“上不用吾计，亡无日矣！”慕容镇曰：“若如圣旨，必须平原用马为便，宜出岘逆战，战而不胜，犹可退守。不宜纵敌入岘，自贻窘逼。昔成安君不守井陉之关，终屈于韩信。诸葛瞻不据束马之险，卒擒于邓艾。臣以为天时不如地利，阻守大岘，策之上也。”超不从。镇出，谓韩讠卓曰：“主上既不能芟苗守险，又不肯徙人逃寇，酷似刘璋矣。今年国灭，吾必死之，卿等中华之士，复为文身矣。”超闻而大怒，收镇下狱。乃摄莒、梁父二戍，修城隍，简士马，畜锐以待之。
③《宋书》曰：高祖伐广固，以龙符为车骑参军，加龙骧将军、广川太守，统步骑为前锋。军达临朐，与贼争水，龙符单骑冲突，应手破散，即据水源，贼遂退走。龙符乘胜奔逐，后骑不及，贼数千骑围绕攻之。龙符奋槊接战，每一合辄杀数人，众寡不敌，遂见害，时年三十三。

大军分车四千两为二翼，方轨徐行，车张幰，御者执槊，以骑为游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。①超遁还广固。获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。
七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：“汝不得张纲，何能为也。”及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘为界，献马千匹，不听。时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：“尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。”录事参军刘穆之遽入曰：“此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？”帝乃笑曰：“此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。”十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千余人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢众五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。
六年二月丁亥，屠广固，超逾城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。

①《宋书》曰：贼屯聚临朐，藩言于高祖曰：“贼屯军城外，留守必寡，今往取其城，而斩其旗帜，此韩信所以克赵也。”高祖乃遣檀韶与藩等潜往，既至，即克其城。

初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：“今日之机万不可失。若克京都，刘公虽还，无能为也。”循从之。是月，寇南康、卢陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章。①内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼众十余万，舳舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：“今兵士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能草间求活，吾计决矣。”初，帝征慕容超，惟孟昶劝行。②丙辰，昶乃表天子，引罪，仰药而死。

①《晋书》曰：卢循遣别帅徐道覆顺流而下，舟舰皆重楼。无忌将率众距之，长史邓潜之谏曰：“今以神武之师抗彼逆众，回山压卵，未足为譬。然国家之计在此一举。闻其舟舰大盛。势居上流。蜂虿之毒，邾鲁成鉴。宜决破南塘，守二城以待之，其必不敢舍我远下。蓄力俟其疲老，然后击之。若弃万全之长策，而决成败于一战，如其失利，悔无及矣。”无忌不从，遂以舟师距之。既及，贼令强弩数百登西岸小山以邀射之，而薄于山侧。俄而西风暴急，无忌所乘小舰被飘东岸，贼乘风以大舰逼之，众遂奔败，无忌尚厉声曰：“取我苏武节来！”节至，乃躬执以督战。贼众云集，登舰者数十人。无忌辞色无挠，遂握节死之。
②《建康实录》曰：二月，伪燕主慕容超大掠淮北，孟昶曰：“师往必克。”

时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：“贼众我寡，分其兵则人测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚众石头，则众力不分。”戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：“贼若新亭直上，且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。”徐道覆欲自新亭焚舟而战，循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望，见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败。贼进屯丹阳郡。帝驰还石头，斩徐赤特。解甲久之。乃出阵于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将军孙处自海道袭番禺，戒之曰：“我十二月必破祆寇，卿亦足至番禺，先倾其巢窟也。”十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。①十一月，孙处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命众军齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。②循还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战，帝麾之，麾竿折，幡沉于水，众咸惧，帝笑曰：“昔覆舟之役亦如此，今胜必矣。”攻其栅，循单舸走，众皆降。师旋，晋帝遣侍中黄门劳师于行所。

①《宋书》曰：徐道覆率众三万，奄至破冢，鲁宗之已还襄阳，追召不及，人情大震。或传循已平京师，遣道覆上为刺史，江汉士庶感焚书之恩，无复贰志。道规使刘遵为游军，自距道覆於豫章口。前驱失利，道规壮气愈厉，激扬三军。遵自外横击，大破之。斩首万余级，赴水死者殆尽，道覆单舸走还盆口。
②《宋书》曰：十二月，循、道覆率众数万，方舰而下，前后相抗，莫见舳舻之际。公悉出轻利斗舰，躬提幡鼓，命众军齐力击之。又上步骑於西岸。右军参军庾乐生乘舰不进，斩而徇之，於是众军并踊腾争先。军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。公中流蹙之，因风水之势，贼舰悉泊西岸，岸上军先备火具，乃投火焚之。烟焰张天，贼众大败，追奔至夜乃归。

七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。二月，卢循至番禺，为孙处所破，收余众南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚唐亮复藏匿亡命千余人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。
先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施为南蛮校尉。帝知毅终为异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以为副贰，帝伪许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混，并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。

十一月，帝至江陵，分荆州十郡为湘州，帝仍进督焉。以西陵太守朱龄石为益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年杀韩信，祸其至矣。”将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至，已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者，皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁旿自幔后出，于坐拉焉，死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人①。旿骁勇有力，时人语曰：“勿跋扈，付丁旿。”先是，山湖川泽皆为豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑，奉还黄钺。

①校曰：亦黎民也

七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真为桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，余固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自为其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。