1941年4月15日早上，韦维尔向威尔逊发出如下信息：“我们必须在与希腊人合作下继续战斗，不过根据情报我们有必要尽快撤退。”
当中东战区英军总司令阿奇博尔德·珀西瓦尔·韦维尔将军在4月11日至13日在希腊时已经警告威尔逊不能预计有任何增援，及授权弗雷迪·德·金根少将与有关官员讨论撤退计划，无论如何，英国人在这个阶段不会提出任何建议；所有建议均来自希腊政府，第二天帕帕戈斯向威尔逊建议W军团应该撤走后先行离开，威尔逊通知中东总部及海军上校伯利·古乐门在4月17日到达希腊准备撤退计划，同一天威尔逊回到雅典与希腊国王、帕帕戈斯、迪阿比亚克及古乐门会谈，晚上，科里齐斯向国王会报战败的消息后自杀，4月21日，韦维尔在口头上批准威尔逊撤退的要求后补回书面命令，命令英联邦部队撤退往克里特岛及埃及。
5,200人，大部份隶属新西兰第5步兵团在4月24日晚上从阿提卡东部的波尔图拉斐迪，当时新西兰第4步兵团仍在封锁通往雅典的道路，当地已被新西兰部队24小时禁止通行。4月25日（澳新军团日），少数皇家空军中队离开希腊（迪阿比亚克在克里特岛的伊拉克利翁设立了指挥部），及10,200名澳大利亚士兵从纳夫普利翁及米加拉撤退，另外2,000人则等待至4月27日因为尤尔斯特皇子接近纳夫普利翁，德军认清撤退行动是自东伯罗奔尼撒的港口进行。
4月25日，德军空降攻占了科林斯运河上的大桥，这有双重目的：切断英军撤退路线及掩护他们进入科林斯地峡，进攻在初期便取得成功，直至英军一枚炮弹错误击毁大桥为止，武装亲卫队第1摩托化旅在约阿尼纳集结，准备经阿尔塔沿班都斯山脉西面的山麓丘陵向米索隆基进发，及在佩特雷横过伯罗奔尼撒从西面进入地峡，当他们在4月27日下午5时30分到达时知道伞兵部队已经被从雅典开来的部队代替。
在科林斯运河上架设临时桥梁令第5装甲师可越过伯罗奔尼萨追击敌人，当他们经阿尔戈斯往卡拉马塔时，他们发现大部份盟军单位已经撤退，他们在4月29日到达南部海岸，在这裹他们与从皮尔戈斯开来的武装亲卫队会合，在伯罗奔尼萨他们与一些孤立和未能准时登船的盟军爆发零星战斗，这次进攻对切断从希腊中部撤退过来的英军已迟了数天，不过他们仍然包围了澳大利亚第16步兵团及澳大利亚第17步兵团。4月30日，大约50,000名士兵已经撤离，不过却被德国空军重创，大约26艘运兵船被击沉，德军在卡拉马塔共俘虏大约7,000—8,000名来不及撤退的英联邦（包括2,000名赛普耶斯及巴勒斯坦人）及南斯拉夫士兵，同时从盟军战俘营中释放了很多意大利战俘。

希腊战役以德国取得完全胜利而告终，英国在中东没有足够的军事资源以容许他同时在非洲北部及巴尔干进行大规模的军事行动，加上，如果他能在希腊抗击德国的进攻，他亦没有能力越过巴尔干进行反机

当盟国战败后，有关派遣英军到希腊的决定在英国引起激烈的批评。二次大战期间的帝国总参谋长艾伦·布鲁克元帅认为在希腊的干预是一个战略上的巨大错误，因为这否定了韦维尔留下必要资源以完成征服意属利比亚或成功阻止埃尔温·隆美尔之德意志非洲军团的三月攻势，因此这延长了本来可以在1941年内取得胜利的北非战场。在1947年弗雷迪·德·金根少将要求英国政府承认在希腊所实行之政策是错误的，另一边，布鲁克则争辩，如果英国在1939年时希腊的独立受到威胁时不作任何回应，面对纳粹德国的猛烈攻势时在道德上于理不合。根据历史学家海茵茨·里克特的描述，丘吉尔尝试通过在希腊的军事行动以影响美国的政治气候，直到战败后他仍坚持自己的策略。而约翰·基谨则认为，希腊战役是旧时代的绅士战争，双方都付出名誉及勇气，希腊及盟国军队，出动了庞大的军队，正义地与敌人战斗。