如果说，《妖精的旋律（ED）》留给观众的是救赎，《EVA》留给观众的是迷茫，那么《最终兵器彼女》留给观众的则是彻底的绝望。
这三部动漫都是用残忍的手法撕裂至纯至美的东西，以求切入负面人格的黑暗系作品，反衬手法张力巨大，表现的内涵丰富而深刻。论画风，《彼女》是最粗糙的，但论杀伤力，它却是最大的——象征性的符号，无偿还地把观众往绝境里逼。
千濑是一个恋爱中的高中生，拥有被改造成最终兵器的身体，不断给人们带来毁灭，却又不断被自己和男友伤害，她与修次痛苦而扭曲的爱贯穿了整个片子，这就是作品的第一主题：死和爱。阿铁的死、明美的死、尤利佳的死，千濑的爱、小淳的爱、阿铁的爱、明美的爱，每个镜头都是美得让人心痛的凋萎过程，层层深入，逐渐递进，故事情绪由伤感变成绝望，13话大海啸中修次父母的死将绝望推向巅峰，片末修次的活着，以弥散着寂静与黑暗的单人世界，给绝望的奏鸣曲画上了一个圆满的句号，片子的寓意在爱与死的交错中得到升华。
他们的爱扭曲而单纯，或害怕，或勇敢，或矛盾，或忍让，伴随着死亡，伴随着生前执念与最后的相见，这样的终点，使他们的死都具有强烈的象征意义：美好的事物都以美好的形态消失了，形成的是阳光下搅碎一切，无物填补的心灵缺口。
揭示战争的罪恶和源头，是片子的第二主题。虽然OVA补充了很多内容，但都是很无聊的边角料。战争在片子里表现得已经很充分，很深刻了，并不需要OVA那些老套情节的补充。
片子里的战争，由最初的不明原因到片尾千濑对修次叙述文明历史，并告诉他地球另一端的样子，战争的根源才慢慢刻画出来——被挤压和毁灭掉的生存空间。
在此，不禁要联想一下关于生存空间的话题。老子理想的弱国寡民，马尔萨斯关于只有战争、瘟疫或疾病才能达到人口平衡的观点，用在这里观察生存空间的问题巧合得天衣无缝。马尔萨斯的观点我是部分认同的，老子的智慧我是彻底拜服的。虽然我是人，但是我并不那么喜欢这个种群。这是一种逆天的生物，处在食物链的上位却拥有庞大得不可思议的数量，生存空间的相互挤压必定造成个体生活质量的下降。农业文明崇尚自然，敬畏自然，所以农业文明下人们的心态是愚昧而恭谦的。而工业文明崇尚人工，企图模拟并超越自然，人把自己放在一个至高无上的核心位置，人的欲望在创造中得到无限制地彰显。从野蛮交锋到机巧重重，从自我膨胀到心智迷惑，越来越多的创造结果使人的欲望越来越无法满足，于是人对人，人对自然，只有会有更频繁的争斗和掠夺。这个种群的命运无法乐观，或者削减数量以达到优化、进化，或者，灭亡。
片子里的战争烧毁了地球和村庄，更烧毁了千濑的心灵，烧毁了千万个作为人存在的“千濑”的心灵，末世的因果与军部的阴谋，阿铁冷酷的狙杀和死前的挣扎，小淳战友将军帽还给他的场景，将战争从宏观到微观，用最简洁的手法表现出来了。川原的自杀，再次成为片中具有象征意义的符号——无法弥补罪恶的忏悔，绝望奏鸣曲中一个凝重的音符。
修次活着，其实已经死了；千濑死了，灵魂却还活着。他们在寂静的“新”世界里背负着悲伤继续生活，互相安慰，将大得不计后果的爱继续下去。
单纯羞涩的爱情故事纷乱而庞杂，却无一例外被导向一个终点——死亡，并让死亡使其迸发出灿烂而动人的感情。外在的矛盾，内里的合一，就是《最终兵器彼女》这支绝望奏鸣曲中所有象征性符号统一的归宿方式。